1、外觀：5S和SE外觀幾乎一樣，但仔細看就發現iPhoneSE背面的iPhone標識下面多了個SE標志，還多了玫瑰金配色，這都是5S所沒有的。

2、性能：iPhone5S搭載A7處理器，1560mAh電池，1GB運行內存；而iPhoneSE搭載A9處理器，1642mAh電池，2GB運行內存，相比之下iPhoneSE性能更好。

3、拍照：iPhone5S搭載后置800W，前置120W像素：而iPhoneSE搭載后置1200W，前置120W像素，拍照方面也比5S方面提升了很多，支持4K錄制，livephoto，這都是5S沒有的。

4、網絡：iPhoneSE網速比iPhone5S快了不少，支持三大運營商4G網絡，這也是5S所不具備的。

5、此外，SE比5S多了NFC，支持ApplePay，現在蘋果公司允許刷地鐵公交，未來ApplePay將發揮著越來越重要的作用。