生物柴油有以下幾種生產方法：

1、化學法生產，用生物油脂與甲醇或乙醇等低碳醇，并使用氫氧化鈉或醇甲鈉做為觸媒，在酸性或者堿性催化劑和高溫下發生酯交換反應，生成相應的脂肪酸甲酯或乙酯，再經洗滌干燥即得生物柴油；

2、生物酶合成法，用動物油脂和低碳醇通過脂肪酶進行轉酯化反應，制備相應的脂肪酸甲酯及乙酯。酶法合成生物柴油具有條件溫和、醇用量小、無污染排放的優點；

3、工程微藻法，美國國家可更新實驗室通過現代生物技術建成“工程微藻”，即硅藻類的一種“工程小環藻”，其優越性在于：微藻生產能力高、用海水作為天然培養基可節約農業資源；比陸生植物單產油脂高出幾十倍；生產的生物柴油不含硫，燃燒時不排放有毒害氣體，排入環境中也可被微生物降解，不污染環境；

4、廢油脂生產生物柴油，原料油脂干燥，將原料油脂加熱到120攝氏度，真空脫水干燥，控制原料含水在百分之0.5以下。

生物柴油是一種較為潔凈的合成。