民國沒有選擇北京作為首都主要有以下三個原因：

1、在當時北方此時仍然受以袁世凱為代表的北洋軍閥統治，北京是明清兩代的首都，是長期以來的政治核心，辛亥革命時期的北方，革命形勢和南方大不一樣，還是北洋軍閥說的算，民國政府在北京的影響力有限；

2、南京歷史上有作為首都存在的歷史，地理位置同樣特殊，南京古稱建鄴、金陵等，是中國的歷史文化名城，早在三國時期，就是吳國的國都，之后的南北朝時期，靖難之役前的明朝都建都于南京，地理位置處長江的咽喉，也是一個易守難攻的寶地；

3、民國政府在南京擁有廣泛的政治基礎，起初，武昌起義之后，孫中山建議將首都定在武昌，但當清朝政府向湖北猛攻，而南京被攻克之后，隨即決定確立南京為民國政府首都，革命黨人在東南沿海有更廣泛的革命基礎，更容易獲得政治上的穩定和當地群眾的支持，而形成與清朝政府及后來的北洋政府南北對峙的局面。