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商業用房房產證和一般的房產證沒有什么區別，就是土地性質和使用權限有不一樣的地方，商業用地是指規劃部門根據城市規劃所規定該宗地塊的用地性質是用于建設商業用房屋，出讓后用地的使用年限為40年。一般產權證上有兩個性質，一個是土地性質，一個是房屋性質。
兩者的區別可能在于：
1、交易稅費：初次購買或者轉讓時的契稅按照3%收取，而住宅為1.5%。如果國家開征物業稅，土地增值稅，商業用房的標準也會比住宅高。
2、按揭方式：大多不能申請公積金貸款；但是也有少數項目在開發商的努力下能夠辦到，另50年產權或者40年產權的住宅。如采用銀行貸款的方式，只能得到五成或六成按揭，最長貸款年限10年。
3、設計標準：設計導向不同，公建物業受朝向、采光、進深等限制較少，而普通住宅的要求較高。
