易使頭發變得乾燥，斷裂和容易打結。染發過程會影響頭發中水分失衡，和大量蛋白質的變性和減少等。從而導致頭發變脆，纖維斷裂，失去自然的柔軟、韌性和光澤的美感。染發次數越多，發質損傷也越嚴重。染發劑的急、慢性刺激會引起頭皮和毛囊的炎癥反應，久了會引起毛囊的萎縮，頭發由粗變細，最后脫發掉發。

皮膚過敏反應，是染發最多見的不良反應。染發劑不合格極易引起皮炎，包括接觸性皮膚炎，脂漏性皮膚炎，濕疹等。初期會出現養，紅腫，痛等癥狀，若抓破皮則易引發細菌感染。一些人染發初期可能不發生過敏反應，經過數次染發之后，就可能發生過敏反應，用的時間越長，發生過敏的幾率越高。

頭皮毛囊是毒素進入人體的最佳通道。

含有聯苯胺的化學染劑會引起膀胱癌，溶血性貧血和皮膚病變;苯會危害中樞神經，影響造血功能，并造成肌肉崩解，神經病變。吸收有毒物質損傷肝、腎功能。多見于金屬染發劑，以及某些合成的有機類染發劑，如含有醋酸鉛、硝酸銀類，含有苯、萘、酚類等。