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1、培養方向不同：學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位。專業型碩士是國家為了克服學術型碩士的不足新增的一種新碩士，培養的是現在市場緊缺的應用型人才。
2、招生條件不同：專業型碩士需要一定的工作經歷，學術型碩士則不需要報考者有一定年限的工作經歷，應屆生可以報考。
3、招生考試不同：學術型碩士的招生考試只有年初的“統考”，而統考以外的專業考試則由各招生單位自行命題、閱卷。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以自行選擇。
4、學習方式不同：學術型碩士為全日制學習。一般為3年。專業碩士為脫產全日制學習，學制2到3年。
5、文憑頒發不同：學術型碩士同時頒發學位和學歷證書。專業碩士10月份單獨考試頒發學位證書，1月份考試同時頒發學位和學歷證書。
