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透射電鏡使用的信號是forward scattering electrons,而掃描電鏡使用的是backward scattering electrons,前者分辨率較后者高,如2010能夠達到2、3nm左右,可得到高分辨率圖像,觀察位錯孿晶等,而后者一般用于觀察樣品表面形貌,由于掃描電鏡景深較大,所以圖像立體感強,此外,投射電鏡很大一部分時間都花在樣品的制備上了,做到幾十個微米薄;而相比較掃描電鏡樣品制備較簡單。
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