1、在君主制度的問題上，朱元璋廢除了宰相，這樣文官政府直接受皇帝管理，而不需要經過另一人受理，因此皇帝的權力達到了頂峰，自此時，皇帝將軍事政治宗教各種權力集合于一身，成為了制度上徹底的獨裁者。

2、設立了錦衣衛制度，這種制度在國家的監察機構上又增加了皇帝的私人機構，導致了政府的權力被皇帝的私人權力所矮化，因為錦衣衛乃是皇帝私人的機構，行駛皇帝個人的意志，政府的部分監察權力實際上被架空，大大強化了皇帝個人對國家的控制。

3、軍事上，朱元璋大力弱化將領的權力，將統兵權掉兵權分開，統兵的五軍都督府將領在出征時由皇帝任命，在軍隊中也安插文官或者內廷太監監軍，將軍事權力牢牢地抓在自己手中，最大限度地保證了軍隊的穩定。

4、人事上，國家的官員任命，各級調動必須要經過皇帝批示，內閣根本無權干預這個事情，文官政府受到重創，國家機器無法正常運轉，為明代的滅亡埋下伏筆。