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柚子樹可以施有機肥或者復合肥，有機肥要腐熟后使用，常用的有豬糞、雞鴨糞、羊糞、人糞尿、菜籽餅、茶籽餅等，也可以買商品有機肥，一般每株用糞尿肥5-10公斤，枯餅類1-2公斤。復合肥可以使用1：1：1的，也可以使用高氮復合肥，每株用3-5兩即可。同時有機肥和復合肥可以混合使用，當混合使用時，兩者的用量均減半。
柚子樹在施肥時以穴施，溝施為宜，少量多次，在滴水線附近。從發新芽到開花結果到采收一共施三次肥就行可以了（2月4月6月各一次），不同季節施肥時，冬天大量用埋的，春夏用撒的，小量補肥。
