模式不同：旗艦店主要是代理商建店，一般由產品的地區代理建立，如眾多的服裝品牌旗艦店，而官方店是這個品牌自己開的店，以擁有注冊商標的企業和個人，以其身份自營或授權的網店。一般以注冊商標的品牌直接命名。

規模不同：旗艦店是要授權的，和專賣店相比，店的規模比較大比較全，是公司的形象。

銷售方式不同：官方網店只能在網上商城開設，而旗艦店則是線上線下都可以開設。

旗艦店可以細分3種不同的類型：1、店鋪由品牌官方自己運營，供貨、直接管理的旗艦店鋪，如Adidas官方旗艦店

2、另外一種并不算官方自營的，如亞瑟士的旗艦店，其實是品牌是指定給其他公司運營的，現在天貓就有很多店鋪是通過該種方式經營的，也比較常見。可以看到是XX品牌旗艦店，但未帶官方字樣。

3、還有一種旗艦店，叫做海外旗艦店，比如SKECHERS。注冊地在海外的公司，需要有自己的注冊信息，名字也不是隨便可以叫的，要有授權認證。我們看不到工商執照，入駐天貓時也都需要提供營業執照、授權書，對應批次的采購憑證等。