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駕駛證扣分超過12分的處理方式如下：
1、駕照扣分超過12分，公安機關交通管理部門將扣留其機動車駕駛證。
2、A、B類駕駛證注銷其最高準駕車型駕駛資格，并在三十日內辦理降級換證業務。
3、駕駛人在十五日內到相關地點，參加為期七日的道路交通安全法律、法規和相關知識的學習。
4、駕駛人在學習二十日內，再進行道路交通安全法律、法規和相關知識的考試。
5、考試合格的，記分予以清除，發還機動車駕駛證。
6、考試不合格的，繼續參加學習和考試，拒絕學習和考試的駕駛證停止使用。
【法律依據】
《機動車駕駛證申領與使用規定》第六十八條規定，機動車駕駛人在一個記分周期內累積記分達到12分的，公安機關交通管理部門應當扣留其機動車駕駛證。
