清華大學工程物理系是根據國務院的指示，為培養理工結合的新型人才，開創和發展我國的原子能科學技術而于1955年籌辦，1956年正式建立的。理工結合是我系辦學的特色，我系培養的學生不僅物理、數學、外語等基礎強，而且工程素質良好。近十年來加強了電子和計算機技術技能的培養，并拓寬了專業面，使畢業生面對迅速發展的科學技術和不斷變化的人才需求，有很強的適應和競爭能力。五十年來，為國家培養了本科生、碩士生、博士生共近七千人。

清華大學工程物理系成立于1956年，是我國培養高素質核科技人才的主要基地。在學科建設方面，工物系核科學與技術一級學科在2003、2008年兩輪學科整體水平評估中均位居全國第一，并在2007年被評為首批國家一級學科重點學科，同時也是全國唯一一所該一級學科下4個二級學科齊全的高校。在師資方面，工物系擁有一支在核科學與技術、安全科學與技術以及物理學研究領域卓有成就、責任感強的高素質教師隊伍。現有教授30人，其中院士2人，教育部長江學者特聘教授2人，國家杰出青年基金獲得者3人，清華大學百人引進教授5人；副教授52人；另聘請長江學者講座教授3人，聘請校雙聘教授及兼職教授共22人，其中：校雙聘教授11人，院士7人，校兼職教授11人，院士6人。從1956年建系至今，系友中有27位兩院院士、18位將軍以及16位省部級國家干部。

目前，工物系學科特點是多學科交叉，主要的研究方向有：核技術及應用、核能科學與工程、核燃料循環與材料、輻射防護與壞境保護、儀器科學與技術、醫學物理與工程、粒子物理與原子核物理、安全科學與技術等。2004年以來，工物系科研經費每年均超過一個億，科研成果斐然，曾獲三大國家級科學技術獎一等獎三項：“加速器輻射源移動式集裝箱檢查系統系列的研制及產業化”項目獲2003年國家科技進步一等獎；“大型裝備缺陷輻射檢測技術”項目獲得2010年度國家技術發明獎一等獎；“應急平臺體系關鍵技術與裝備研究”項目獲2010年度國家科學技術進步獎一等獎。

秉承工程與物理完美結合的理念，工物系在粒子物理與核物理實驗基礎研究上取得了很大的成績，除了參加多項大型國際合作物理實驗以外，還在四川錦屏建設了世界上最深的中國錦屏極深地下實驗室，開展暗物質尋找的前沿物理研究。