在明朝的歷史上，一共出現過三個都城：

1、中都。1368年，朱元璋稱帝，定國號為明。并選擇了應天，也就是現在的南京作為京師，以開封為陪都，以供“春秋巡狩”。但是在1369年，朱元璋又改變了主意，把自己的家鄉鳳陽作為中都，并營造宮殿。但是1375年，朱元璋又突然放棄了

2、南京。在放棄了鳳陽中都之后，朱元璋正式的把南京作為明朝的首都。

3、北京。1402年，朱棣占領南京，次年（永樂元年）改北平為北京，開始了遷都的準備工作。明成祖永樂十九年（1421年）遷都北京，南京應天府改為留都。

留都才是南京在歷史上作為明朝原首都的正史稱呼。 明成祖遷都北京后，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央機構。南京和京師一樣，設六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構，官員的級別也和京師相同。北京所在府為順天府，南京所在府為應天府，合稱二京府。