雞蛋中含有抗酶蛋白和抗生物蛋白。前者阻礙人體腸胃中的蛋白酶與蛋白質接觸，影響蛋白質的消化、吸收。后者能與食物中的生物素結合，形成人體無法吸收的物質。但是上述兩種存在于生雞蛋中的有害物質，一經蒸煮就被破壞，不再影響人體對營養素的吸收。

生雞蛋的蛋白質結構致密，胃腸里的消化酶難以接觸，因而不容易被消化吸收。而煮熟了的雞蛋蛋白質的結構變得松軟，容易被人體消化吸收。

大約10％的鮮蛋帶有致病菌、霉菌或寄生蟲卵。有的家長用開水沖雞蛋加糖給孩子喝，由于雞蛋中的病菌和寄生蟲卵不能完全殺死，容易引腹瀉和寄生蟲病。如蛋中有沙門氏菌，還會引起食物中毒。新近發現，雞蛋殼上可能帶有0—157腸出血性大腸桿菌，即使菌量極少，如果生雞蛋，也足以引起食物中毒。民間有人用吃生雞蛋的方法來治療小兒便秘，既治不了便秘，還會傳染人畜共患的弓形蟲病。這種病發病較急，全身各器官幾乎均受到弓形蟲的侵犯引起病變，嚴重者還會導致死亡。