革蘭氏染色法的原理是革蘭氏陽性菌和陰性菌在化學(xué)和生理性質(zhì)上差別比較大，染色體的反應(yīng)也不一樣，一般陽性菌和碘和結(jié)晶紫的復(fù)合物結(jié)合比較牢固，不容易脫色，而陰性菌的結(jié)合相對比較弱，容易脫色，這是導(dǎo)致染色反應(yīng)的主要依據(jù)。

細(xì)菌經(jīng)過堿性燃料結(jié)晶紫染色，后經(jīng)過碘液進(jìn)行媒染，然后用酒精脫色，在一定的條件下，有的細(xì)菌媒染后，顏色不被脫去，有的會被脫去，因此會把細(xì)菌分成兩類，不被脫去的被稱為革蘭氏陽性菌，脫去的則被稱之為革蘭氏陰性菌。脫色后可以在用紅色染料進(jìn)行復(fù)染，陽性菌是紫色，陰性菌則被重新染上了紅色。很多有芽孢的桿菌和大部分的球菌，還有放射菌以及真菌杜輝呈現(xiàn)革蘭氏正反應(yīng)，而弧菌、螺旋體以及大多數(shù)的致病性無芽孢桿菌則呈現(xiàn)出副反應(yīng)。