柯南緋色篇是從832集開始，柯南的真實身份是高中生偵探工藤新一，人稱“平成年代的福爾摩斯”和“日本警察的救世主”，因試圖跟蹤黑衣組織成員被偷襲，并被灌下代號“APTX4869”的毒藥，雖然幸免于死，但身體縮小成一年級小學生的模樣。

之后柯南尋求阿笠博士的幫助，在被青梅竹馬毛利蘭詢問自己名字時，化名為江戶川柯南，在阿笠博士的提議下，寄住于小蘭的父親毛利小五郎家中，解決各種案件的同時秘密調查黑衣組織。

柯南住在小蘭家中，希望借助小蘭的父親毛利小五郎偵探的身份追查組織，可是小五郎卻是個迷糊偵探。柯南只得借助自己沒有減退的推理天份幫助小五郎破案，但因為身體變小導致辦案時不便，危險性也增加，因此阿笠博士為他發明了手表型麻醉槍和領結型變聲器等道具。

柯南作為小學生，卻有著清晰的頭腦和很強的行動力。這引發了小蘭的懷疑，好在柯南借助阿笠博士的幫助瞞過了自己的真實身份，此后柯南也曾多次被小蘭懷疑身份，但在阿笠博士、灰原哀、服部平次、工藤有希子等得知自己身份的人的幫助下，都成功掩飾過去。