祝姓的來源為出自姬姓、出自己姓、以官職為姓、出自他族改姓。

1、出自姬姓：為黃帝之裔。據《元和姓纂》《新唐書·宰相世系表》等所載，黃帝之后，周武王封其于祝（故城在今山東省長清東北祝阿故城），后來就有了祝國，子孫以地為氏。

2、出自己姓：祝融之后。據《元和姓纂》所載，祝融之后有以官職命姓者。遠古時候有位火神叫祝融，是一位氏族首領。

3、以官職為姓：據《姓譜》《路史》所載，古有巫史祝祀之官，其子孫以官為氏。又遠古時，巫師有很高的社會地位，官職很高，稱為巫史，或者稱為祝史。遠古時以官職為姓的習慣，祝史的后代，往往繼承官職，并世代姓祝。

4、出自他族改姓：據《通志·氏族略》所載，北魏叱盧（吐缶）氏之后有祝姓；清朝滿洲八旗姓愛新覺羅氏、喜塔喇氏等之后均有改姓祝者；傈僳族以竹為圖騰的麻打息氏族漢姓為祝；今滿、瑤、彝、土家、蒙古等民族均有此姓。