藍藻植物體有單細胞的、群體的和絲狀體的， 是原核生物，沒有染色質，但存在環狀DNA即質粒。藍藻和具原核的細菌等一起，單立為原核生物界。所有的藍藻都含有一種特殊藍藻的藍色色素，藍藻就是因此得名。但是藍藻也不全是藍色的，不同的藍藻含有不同的色素，有的含葉綠素，有的含有藍藻葉黃素，有的含有胡蘿卜素，有的含有藍藻藻藍素，也有的含有藍藻藻紅素。紅海就是由于水中含有大量藻紅素的藍藻，使海水呈現出紅色。藍藻是單細胞原核生物，又叫藍細菌、藍綠菌、藍藻或藍綠藻，或稱為藍菌門。雖然傳統上歸于藻類，但有研究發現因為沒有核膜等等，與細菌非常接近，因此現時已被歸入細菌域。藍藻并不是綠藻。藍藻是一類藻類的統稱，其標志便是單細胞、沒有以核膜為界限的細胞核。常見的藍藻有藍球藻、念珠藻、顫藻、發菜等。藍藻都為單細胞生物，以細胞群形式出現時才容易看見，也就是我們通常見到的水華。