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工程欠款糾紛起訴程序是：
1、準確選擇被告，在提起訴訟之時只要選擇發包人、承擔連帶責任保證擔保方式的任何當事人，包括一人或幾人作為被告;
2、提交起訴書，并按對方當事人人數提交相應份數的副本;
3、根據誰主張誰舉證原則，原告向法院起訴提交相應的材料;
4、立案庭在當事人履行必須的手續和交齊有關證據材料之后，在七天內，對符合立案條件的，辦理立案手續;
5、當事人在收到受理通知書之日起七天內預交案件受理費和其他訴訟費;
6、立案手續后，案件由法院排期開庭。
【法律依據】
根據《民事訴訟法》第一百四十九條，人民法院適用普通程序審理的案件，應當在立案之日起六個月內審結。有特殊情況需要延長的，由本院院長批準，可以延長六個月;還需要延長的，報請上級人民法院批準。
