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銀行扣押房產證不合法，說明如下：
如果是在辦理房產抵押貸款是扣押房產證是不合法的。因為房產抵押貸款是不扣押房產證的。房產證抵押貸款，抵押到銀行的只是一個他項權利證。就是在房管局做公證房子已經被抵押，不能再進行交易。
相關說明：
房產證是購房者通過交易，取得房屋的合法所有權，可依法對所購房屋行使占有、使用、收益和處分的權利的證件。即《房屋所有權證》，是國家依法保護房屋所有權的合法憑證。房屋所有者憑證管理和使用自己的房屋。房產證包括房屋所有權證和房屋共有權證，在通常意義上，房產證是房屋所有權證的簡稱，是由不動產登記機關發放的證明房屋所有權歸屬的書面憑證。
按照我國現行的房屋所有權登記制度，房屋登記是城鎮房屋權利歸屬的法定公示方法。
