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辦理公有住房使用權證流程是：
1、確認是否為合法承租人。持房屋使用權上市交易一方當事人應當是公有住房合法承租人。
2、簽訂協議。房屋使用權交易，當事人雙方應當簽訂書面協議。
3、辦理轉租手續。協議簽訂后，當事人雙方持相關材料到房屋所在地直管公房經營管理單位辦理房屋使用權互換、轉讓、轉租手續。當事人因故不能親自辦理相關手續的，可以委托他人代為辦理。受委托人應當提交當事人出具的授權委托書。以房屋使用權交換住房產權，當事人雙方須按規定到房地產行政主管部門辦理交易及產權變更登記手續。
4、領取公有住房使用權證。公房承租人須結清房屋租金和其他與該房屋有關的應由承租人交納的各項費用，公有住房使用證是由產權單位發放的，證明持證人擁有合法使用權的一種權利證書。
