在第二季調查兵團陷入絕境的時候，艾倫選擇發動自己始祖巨人的力量拯救了兵團。當時的艾倫被超大巨人帶走之后，調查兵團和三笠等人為了救回艾倫引來了大量的無垢。雖說后來艾倫被救下，但卻讓整個調查兵團陷入到了絕境當中，此時的艾倫突然覺醒了始祖巨人的力量，發動坐標命令讓所有無垢巨人擊退了敵人。

當艾倫第一次在危機中使用始祖巨人力量之后，變身回來后他卻始終都不能再使用第二次始祖的力量。這種情況也是他一直沒有辦法理解的，很多時候能力的激發可能是三笠的愛提供力量。但不能再使用第二次，艾倫也是一頭霧水不知道什么樣原因。

在后來調查兵團僅剩九個人的情況下攻打下瑪利亞之墻，在這種情況下，世界的秘密才終于向大家敞開了本身的面目。恢復記憶的艾倫結合父親給自己留下的線索，終于了解到了當年的事情真相，也就是覺醒始祖的真正原因。

從那開始艾倫便開始了滅世計劃，為了能成功再次覺醒始祖力量讓自己真實的強大起來，艾倫首先發動了馬萊之戰帶回王族血統的吉克，在精心策劃下再次覺醒始祖力量讓墻內千萬個巨人破墻而出，以此展開了屬于自己的滅世之路。