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1、最主要的原因是沒有建立穩固的“革命”根據地。黃巢的起義軍始終是流動作戰，在占領了新的地區后，就把原有的地區放棄了，黃巢從來沒有建立一個真正的農民起義根據地。
2、黃巢對消滅舊政權的認識不足，沒有乘勝追擊，消滅敵人的有生力量。農民起義軍攻占了長安，停止了對唐朝政府的軍事追擊，使逃到四川成都的唐僖宗有了得以喘息的機會，唐朝政府糾結各地的反動勢力反撲起義軍，導致起義失敗。
3、黃巢起義軍放棄了江淮經濟重地，失去了財力支持。當時的江南地區是全國的經濟中心。糧食財物通過大運河北上供給北方，起義軍放棄了江淮，那里的糧食源源不斷地運輸到成都，于是唐僖宗又有了卷土重來的資本。
4、重大戰略失誤。黃巢起義軍攻長期圍陳州，造成農民軍傷亡慘重，而唐朝政府利用黃巢起義軍圍攻陳州的時候，拼湊大量的部隊，準備大反攻。
5、黃巢用人不當。黃巢的很多手下在作戰期間背叛了他，這也是黃巢起義失敗的原因。
