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二者的定義不同：
1、日本居酒屋：
是主要提復供“日本酒”和“和食”的，面向“大眾”的餐飲店。
2、日本料理店：
是所有提供“日本料理”的餐飲店的總稱。例如：蕎麥屋，制壽司屋，居酒屋，料亭，焼き鳥屋、串揚げ屋、串焼き屋，天婦羅屋、お茶屋、拉面屋，好焼屋等。
其中“料亭”的日本料理和環境比較“高檔”，而“居酒屋”則比較大眾。
蕎麥屋，壽司屋，居酒屋，焼き鳥屋、串揚げ屋、天婦羅屋、お茶屋、拉面屋等提供的飲食則比較“單一”。
和“日本居酒屋”比較相近的日本餐飲店的形式還有：大眾酒場、一杯飲み屋、赤提燈、縄暖4102簾等。
在日本，和“居酒屋”形成對比的是，以提供“洋酒”為中心的大眾餐飲店，例如：酒吧，俱樂部，斯納庫，啤酒屋等。
