南開大學臨床醫學專業在全國名列前茅，為學制七年本碩連讀專業，學生在第六、第七兩年享受研究生待遇，完成學業并經審查合格者準予本科和研究生畢業，同時授予醫學學士學位和碩士學位。自2009年起醫學院在該專業學生中挑選最優秀的學生組成“本、碩、博”貫通的八年制臨床醫學試點班，旨在培養醫學精英人才。臨床醫學專業旨在培養醫德高尚、人文和自然科學基礎廣泛、醫學基礎理論扎實、專業實踐技能熟練，特別是具有終生自我充實能力的高級醫學專門人才。專業課程有人體解剖學、組織胚胎學、生理學、生物化學、醫學微生物學、醫學免疫學、人體寄生蟲學、醫學分子遺傳學、病理學、病理生理學、藥理學、診斷學、醫學影像學、核醫學、中醫學、內科學、外科學、婦產科學、兒科學、皮膚病學、傳染病學、神經病學、精神病學、眼科學、耳鼻喉科學、血液學、醫學統計學、醫學心理學、法醫學等。 畢業生能夠從事醫療、科研、教學等方面的工作。