《名偵探柯南》人魚失蹤記故事內(nèi)容為：

平次收到一個委托，于是邀請小五郎和柯南等人共同乘船前去美國島。美國島是一座有著人魚傳說的小島，事件起因是平次收到有一封寫著會被人魚殺死救救我的信。他們到了島上之后去找送信人門協(xié)紗織，但她已經(jīng)不知去向。

島上舉行一年一度的儒艮之祭。在祭祀上，和葉、壽美、沙織的父親抽中了可以帶來美貌與長壽的儒艮之箭。祭奠開始后，壽美被發(fā)現(xiàn)在瀑布上吊身亡。

柯南開始進行推理，兇手就是可以事先知道誰得到儒艮之箭的人命樣。而130歲的命樣本身就是由惠君靠化妝術(shù)假扮的。倉庫中的尸體并不是惠君，而是紗織。當時沙織得了牙病，惠君借給紗織自己的保險卡，因此紗織的牙病記錄就會變成惠君的。而森林中的疑似沙織的人影也是由惠君裝扮的。

島上的居民其實知道命樣是由慧君和她的母親裝扮的，為了不辜負惠君的努力，也為了讓祭祀能一年年辦下去，讓長生的夢延續(xù)，便不曾告訴惠君真相。