土木工程 近幾年迅速發展壯大，并開始向交通運輸工程、材料科學與工程、環境科學與工程、工程力學等領域拓展，蜚聲中外。學院教學與科研并重，設有為教學、科研服務的大型結構試驗室、預應力實驗室、力學實驗室、水力學實驗室、結構力學實驗室、環境工程實驗室、計算機及CAD中心室和力學實驗中心。擁有國內歷史悠久、專業藏書豐富的土木工程圖書館和資料室。

建筑學 是東南大學的傳統強勢學科，建立于1927年，是我國成立的第一個建筑系，實力雄厚，全國建筑院系通用的教材有近1/3由東大編寫，全國建筑方面的國家級重點學科東南大學就占了1/3，特別是中國古建筑歷史方面，東南大學的地位更是其他院校無可比擬的，在國內一直處于領先地位。教學上實行教授負責制和導師負責制，使學生在大一的時候就有機會與博導、院士等進行學習，形成了鮮明的特色。

信息工程 是東南大學的一大驕傲，2006年1月，東南大學研制出中國第一塊符合3G移動通信技術規范的芯片，這宣告著我國躋身于世界移動通信強國的行列，現在國家新一代移動通信技術(4G)開發項目的總體負責人就是東南大學無線電工程系的尤肖虎教授。在未來五年，東南大學將建成移動通信國家實驗室。這里將成為我國移動通信方面與世界其他通信強國抗衡的最為重要的陣地。

電子科學與技術 專業以寬口徑培養電類人才為主要特色，實行學生在低年級時先不分專業，高年級后，可根據自己的興趣、愛好及對各個學科的了解選擇校內電類的任何專業，因材施教。

計算機科學與技術 形成了以計算機網絡和數據庫技術研究和應用為龍頭，帶動整個學科發展的特色，完成了大量的國家和省部級重要科研項目，獲得較多的國家和省部級科技進步獎項，為國家和地方經濟和信息化建設做出了貢獻，成為國內具有明顯特色和較高學術水平的計算機院系。

生物醫學工程 是東南大學依托傳統優勢學科去發展交叉學科與邊緣學科的一次成功的創新，他們的數學和數學系的知識深度和難度不相上下，電子方面的課程也可與電子系的一較高低，除此之外還要在醫學院學習一年的醫學知識，真可謂是樣樣精通了，經過這些年的努力，東南大學生物醫學工程學科已經處于國內同學科的領先地位。